空军司令部是一个军事行政机构，下面有司令部、政治部、后勤部、装备部、前线航空兵总部、战术防空兵总部、远程航空兵总部、空降兵总部、战略运输部队总部。这些部门在平时负责对下属的相应管理部门和各个军区空军相应兵种进行业务上的指导和行政命令的管理，但一线全部军区空军部队的指挥权统一归各个军区空军司令部（兵团级单位）所有，战时由所在军区司令部或者各个战略集群司令部统一指挥。但是常规战略轰炸部队、战略运输部队和战略空降部队平时是直接隶属空军司令部的，这些战略部队将在总参谋的统一指挥下划归到一线的各个军区级单位，为地面部队的作战提供支援。
海军司令部是一个军事行政机构，下面有司令部、政治部、后勤部、装备部、海军航空兵总部、水面舰艇部队总部、潜艇部队总部、岸防部队总部、海军陆战队总部。这些部门在平时负责对下属的相应管理部门和各个大舰队相应兵种进行业务上的指导和行政命令的管理，但一线各个大舰队的指挥权统一归各个大舰队司令部（兵团级单位）所有，战时由所在军区、战略集群司令部统一指挥。
战略火箭部队司令部是一个作战指挥机构，它直接隶属于中央军事委员会。帝国的核武器控制权由皇帝直接掌握，但是安全钥匙分别由国防部长和总参谋长两人分管，要三个部分的密钥组合在一起时，才能有效指挥战略火箭部队。机构设置上包括战略火箭部队参谋部、战略火箭部队政治部、战略火箭部队后勤部、战略火箭部队装备部。战略火箭部队分为陆基导弹基地司令部、海基导弹基地司令部、空基导弹基地司令部，直接管理分布在全球的所有导弹基地。
国土防空与航天部队司令部是一个军事行政和作战指挥相结合的机构，包括司令部、政治部、后勤部、装备部、国土防空部队总部、航天部队总部。在平时国土防空部队总部直接指挥全国甚至全联盟的战略防空战区，但是在战争爆发后，中国本土和华约组织分散在三大洲的其他成员国将被划分为若干个军区级单位。战术、战役性的国土防空部队将划归所在地区军区级单位指挥，而战略性质的防空力量（战略轰战截击机、弹道导弹防御系统）和航天部队仍然由防空军司令部统一指挥，直接由总参谋部下达作战命令。
也就是说，龙军在亚洲地区（包括本土）的军区和西亚、欧洲、非洲地区的五个战略集群都是大军区级单位，他们与陆军司令部、海军司令部、空军司令部、战略火箭部队司令部、国土防空与航天部队司令部是完全平级的。
只是五大军种司令部（除战略火箭部队外）主要是和平时期的军事行政工作，而十三个大军区才是平时训练、考核及战时指挥具有真正实权的作战指挥部门。需要说明的是，由于龙军战略火箭部队和国土防空与航天部队的作战任务特殊，他们的指挥权全部集中在军种司令部手中。因此，军区和五个战略集群的司令部在战争时期只能直接指挥陆军、海军和空军的相应部队，各军区司令部要在取得更高一级授权（皇帝亲自批准）后，才能指挥战术核武器部队和战区性国土防空部队。
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