但汽车人在擎天柱的带领下屡屡挫败他的计谋，组合金刚、机器卫兵、机器昆虫和各种强大武器被投入战争之中。
公元2005年霸天虎已经完全占领了塞伯坦，而吞噬着自己路上所有东西的宇宙大帝也正对着塞伯坦虎视眈眈。
为了消灭汽车人，威震天突袭了汽车人的飞船，以此伪装进攻汽车人城，擎天柱带人赶来支援，汽车人和霸天虎展开决战。
一场惨烈的战斗后擎天柱战死，威震天重伤，擎天柱战死，通天晓（Ultra Magnus）继任汽车人的领袖，这一过程中宇宙大帝发现了能源宝已成为汽车人的领导模块，宇宙大帝为此愤怒不已。
红蜘蛛将重伤的威震天抛弃，重伤的威震天遇到了在宇宙中游荡吞噬星球的宇宙大帝。
为了摧毁落入汽车人手上的领导模块，威震天被宇宙大帝改造为惊破天，宇宙大帝命令他去摧毁汽车人的领导模块——能源宝。
通天晓没有做领袖的能力。霸天虎中的二号人物——红蜘蛛篡位成功，但被惊破天杀死。惊破天重掌霸天虎。
领导霸天虎继续完成他们重新征服和占领塞博坦并消灭汽车人的目标，宇宙大帝开始也向塞伯坦进发并吞噬了塞伯坦的两颗卫星。
惊破天对宇宙大帝吞噬塞伯坦的卫星极为愤怒，但面对宇宙大帝的恐怖力量，他不得不屈服并出发追杀汽车人。
惊破天夺取到能源宝后试图威胁宇宙大帝，宇宙大帝愤怒之下变形进攻塞伯坦，为了阻挡宇宙大帝毁灭塞伯坦，包括震荡波在内的诸多霸天虎战死，惊破天也被宇宙大帝吃掉并重新控制。
此时汽车人带着他们的盟友们也赶来阻止宇宙大帝。
最终，热破闯入宇宙大帝体内，从惊破天手中夺回领导模块（Matrix of Leadership），摧毁了宇宙大帝（Unicron），成为新的汽车人领袖——补天士（Rodimus Prime）。
宇宙大帝残存的头部成为塞博坦的卫星。
宇宙大帝之战后损失惨重的霸天虎被汽车人赶出了塞伯坦，在宇宙的偏僻之地苟延残喘，而狂飙等人潜入宇宙大帝的脑袋获取信息，将惊破天找回领导霸天虎，两派的战场进一步扩大至全宇宙。
与此同时，失去了身体只剩下一个脑袋但依然活着，想要夺取塞伯坦重新获得身体的宇宙大帝、积蓄力量想要夺回塞伯坦的五面怪、以鬼魂般的姿态寻求复活和复仇的红蜘蛛、以及制造了新的武器，想要继续自己改造宇宙计划的宇宙大帝的创造者至尊太君等人纷纷登场。
公元2010年由于地球乃至整个宇宙都感染了仇恨疯狂症，所有人都在乱打一气。汽车人领袖擎天柱复活，将世界从仇恨疯狂症中解救出来。
………………………………………
就此，漫长的动画宇宙的时间线结束了。
“唉，动画宇宙的变形金刚历史还真是一段十分漫长的历史。”
“如果这一次融合进来的是动画宇宙的变形金刚，相信给这个宇宙所带来的变动肯定也特别大。”
楚默说到这里的时候，眼睛里面也带起了奇异的眼神。
“毕竟，一个能够变身的跑车谁不喜欢，一个可以变形的变形金刚谁不喜欢。”
看着系统面板上面给自己提供的动画宇宙的时间线变动，楚默的心里在希望着能够到来的是变形金刚宇宙能够更加强大一点。
毕竟，变形金刚的宇宙实在是太多了。
【G1宇宙、RID宇宙、邪神宇宙、08宇宙、电影宇宙、联合宇宙、赛博坦传奇宇宙、天元宇宙、围城宇宙。】
系统上面显示了变形金刚宇宙里面，这九个最主要的已知宇宙，而其他的宇宙更是不可预测的。
“而且不管是漫威宇宙还是变形金刚的宇宙，宇宙和体系的不同是指和前一个作品的世界观设定有很大出入。”
尽管变形金刚宇宙当中TFP与2015RID有很大画风出入，但因为世界观没变，因此它们同属一个宇宙。
体系是指无论与前作有关联与否，只要风格近似（甚至剧情出入、宇宙不同都无所谓。）便同属一个体系。
“不过，我现在要把昆塔莎还有塞伯坦给创造出来，擎天柱、威震天之类的变形金刚反而不重要。”
而在楚默想到第五部中的昆塔莎还有塞伯坦的时候，他手中的昆塔莎权杖和火种源上面就开始散发出奇异的光芒了。
昆塔莎，自称生命天尊，是塞伯坦星球的造物主，出现于影版《变形金刚5》。
电影里昆塔莎的原型其实就是G1版的五面怪，在昆塔莎的统治下，整个星球的变形金刚都成为了她的奴隶。
不过这时的变形金刚，还缺少了变形的能力，后来昆塔莎在塞伯坦星球，不仅压榨着生活在这里的变形金刚们，让它们夜以继日的工作，甚至还让它们自相残杀。在昆塔莎的眼中，这些变形金刚，就如同那些原始的有机生命一样。
此时此刻的塞伯坦文明是一个非常落后的低等文明，与此同时，昆塔莎还研究起了宇宙立方，她利用这个玩意，制造出了全新一代的变形金刚，而且还赋予了它们变形的能力，至此昆塔莎就自称自己为“造物主”。
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